На прием усилок работает как перемычка на кабеле, как его не подключай к питанию. Два провода к аккумулятору обычно тянут тогда, когда нет возможности прицепиться минусом к кузову в данном конкретном месте, или кузов пластиковый. Все остальное, от лукавого, поскольку ничего хорошего от такого подключения (2 проводами), кроме дополнительных потерь в этих самых проводах и возможности собрать еще больше мусора с бортовой сети, просто нет.
Скорее всего дело в самом усилке, а не способе его подключения к бортовой сети.
Я бы провел несколько экспериментов по тому, как ведет себя станция на прием в разных режимах работы усилителя, с питанием и без, с подключенными проводами питания и без. И только тогда можно будет делать какие-то выводы. А то получается какой-то бред. На одном форуме пишут, что землить усилок нужно на кузов (что, кстати правильно и написано в инструкции к усилителю), а тут как будто в противотык утверждают, что нужно минус с аккумулятора тянуть, причем обосновать, почему нужно делать так, а не как написано в инструкции никто не может, зато все ссылаются на именитых производителей типа Yaesu, Alinco и пр. у которых два длинных провода с предохранителями идут в комплекте. Если немного подумать, то можно прийти к выводу, что да, такое подключение более универсальное с точки зрения массовости, ибо не у всех есть необходимость подключать станцию к бортовой сети транспортного средства и не у всех кузов автомобиля сделан из металла, не терять же этих клиентов, правда? Отсюда и решение.
Возвращаясь к теме усилителя, поэкспериментируйте. А еще лучше снять видео с проблемой, сразу станет ясно в чем дело.